上海合作組織的前身是“上海五國”機制。而“上海五國”機制發源于上世紀80年代末開始的、以中國為一方和以俄、哈、吉、塔四國為另一方的關于加強邊境地區信任和裁軍的談判進程。
冷戰結束后，國際和地區形勢發生很大變化。中、俄、哈、吉、塔五國為加強睦鄰互信與友好合作關系，加緊就邊界地區信任和裁軍問題舉行談判。1996年4月26日和1997年4月24日，五國元首先后在上海和莫斯科舉行會晤，分別簽署了《關于在邊境地區加強軍事領域信任的協定》和《關于在邊境地區相互裁減軍事力量的協定》。這是亞太地區首份多國雙邊政治軍事文件，受到國際社會廣泛關注和高度評價。
此后，五國元首年度會晤形式被固定下來，輪流在各國舉行。從1998年至2000年，先后在阿拉木圖、比什凱克、杜尚別召開五國峰會。杜尚別會晤時，烏茲別克斯坦總統卡里莫夫應邀以客人身份與會。會晤內容也由加強邊境地區信任逐步擴大到探討在政治、安全、外交、經貿、人文等各個領域開展全面互利合作。由于首次會晤在上海舉行，該機制被貫以“上海五國”稱謂。
進入21世紀，面對全球化趨勢，世界各國都在加快區域合作步伐，以更有效地把握和平與發展的歷史機遇，抵御各種風險與挑戰。與此同時，冷戰結束后，本地區的恐怖主義、分裂主義和極端主義活動日益猖獗，嚴重威脅各國安全與穩定。中、俄、哈、吉、塔、烏六國都面臨發展自身經濟、實現民族振興的艱巨任務，也有進一步加強區域合作的共同愿望和迫切需要。
在此背景下，2001年6月14日，“上海五國”成員國元首和烏總統在上海舉行會晤，簽署聯合聲明，吸收烏加入“上海五國”機制。15日，六國元首共同發表《上海合作組織成立宣言》，宣布在“上海五國”機制基礎上成立上海合作組織。上海合作組織正式宣告誕生。
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